1. Cấu trúc và phạm vi điều chỉnh: thay đổi từ nền tảng

Nếu trước đây Thông tư 200 chỉ dừng ở phạm vi hướng dẫn ghi sổ và lập báo cáo tài chính, thì Thông tư 99 mở rộng đáng kể khi bổ sung yêu cầu về quản trị nội bộ, kiểm soát kế toán và quyền tự chủ tài chính của doanh nghiệp.
Ngay tại Điều 3, Bộ Tài chính quy định các doanh nghiệp phải thiết lập quy chế quản trị và cơ chế kiểm soát kế toán nội bộ – điểm mới chưa từng có trước đây.

Đây là tín hiệu rõ ràng cho thấy định hướng dịch chuyển sang kế toán quản trị và quản trị tài chính hiện đại, nơi kế toán không chỉ ghi nhận số liệu mà còn đóng vai trò kiểm soát và đánh giá hiệu quả hoạt động doanh nghiệp.

2. Quy định mới về đơn vị tiền tệ trong kế toán

Thông tư 200 chỉ cho phép sử dụng VND hoặc ngoại tệ khi được chấp thuận riêng.
Trong khi đó, Thông tư 99 dành riêng ba điều (Điều 4–6) để quy định cụ thể nguyên tắc xác định, thay đổi và chuyển đổi đơn vị tiền tệ kế toán, bao gồm:

• Cho phép doanh nghiệp sử dụng ngoại tệ làm đơn vị kế toán chính nếu đáp ứng các điều kiện về doanh thu, chi phí và nguồn vốn.
• Khi thay đổi đơn vị tiền tệ (ví dụ từ USD sang VND), phải thực hiện từ đầu kỳ kế toán mới, áp dụng tỷ giá chuyển khoản bình quân tại ngân hàng mà doanh nghiệp thường giao dịch.
• Báo cáo tài chính vẫn bắt buộc trình bày bằng Đồng Việt Nam, kể cả khi sổ kế toán được ghi bằng ngoại tệ.

Quy định này tăng mức linh hoạt cho các doanh nghiệp FDI, xuất nhập khẩu, logistics, giúp họ phản ánh tình hình tài chính thực tế bằng đồng tiền hoạt động chính, trong khi vẫn đảm bảo tuân thủ chuẩn Việt Nam.

3. Cải tổ bộ máy kế toán và cơ chế hạch toán của đơn vị phụ thuộc

Điều 7 của Thông tư 99 làm rõ cách phân định quyền và nghĩa vụ giữa công ty mẹ – chi nhánh – đơn vị phụ thuộc.
Một số điểm mới đáng chú ý gồm:

• Đơn vị phụ thuộc có thể lựa chọn ghi nhận vốn cấp là vốn chủ sở hữu hoặc nợ phải trả, tùy theo cách tổ chức quản lý.
• Doanh nghiệp được quyền quyết định có ghi nhận doanh thu, giá vốn khi luân chuyển nội bộ hay không, kể cả khi không phát hành hóa đơn.
• Chi nhánh hoặc đơn vị trực thuộc có thể lập hoặc không lập báo cáo tài chính riêng, miễn sao báo cáo hợp nhất cuối cùng của doanh nghiệp bao gồm đầy đủ số liệu giữa các đơn vị.

Đây là thay đổi mang tính “thiết kế lại” hệ thống kế toán, đặc biệt hữu ích với tập đoàn, chuỗi doanh nghiệp đa chi nhánh, giúp họ quản trị linh hoạt nhưng vẫn đảm bảo tuân thủ và hợp nhất dữ liệu chính xác.

4. Chủ động thiết kế hệ thống chứng từ và chuyển đổi số kế toán

Thông tư 99 cho phép doanh nghiệp tự xây dựng hoặc điều chỉnh biểu mẫu chứng từ, miễn là đảm bảo tính trung thực, rõ ràng và có khả năng kiểm soát được dòng tài sản - nguồn vốn.
Khi thay đổi biểu mẫu, doanh nghiệp cần ban hành quy chế kế toán nội bộ làm cơ sở thực hiện.
Đáng chú ý, văn bản mới cũng nâng tầm pháp lý của chứng từ điện tử, phản ánh xu hướng số hóa toàn diện hệ thống kế toán.

So với Thông tư 200, đây là bước tiến mang tính “giải phóng”, giúp doanh nghiệp chủ động thiết kế hệ thống kế toán số hóa thay vì phụ thuộc vào các mẫu biểu cứng nhắc truyền thống.

5. Hệ thống tài khoản kế toán: chuyển mình để hội nhập

Theo Điều 11, doanh nghiệp phải áp dụng hệ thống tài khoản mới theo Phụ lục II của Thông tư 99.
Dù danh mục chi tiết chưa công bố toàn bộ, giới chuyên môn dự báo một số thay đổi đáng chú ý:

• Gộp và chuẩn hóa các tài khoản tương đồng như 138 - 338, 421 - 422.
• Bổ sung nhóm tài khoản phản ánh chênh lệch tỷ giá, giao dịch nội bộ, cổ phiếu mua lại, công cụ tài chính phái sinh.
• Phân loại lại giữa ngắn hạn - dài hạn - vốn chủ sở hữu mở rộng, hướng đến chuẩn IFRS.

Đây là thay đổi cốt lõi, đòi hỏi các phần mềm kế toán, hệ thống ERP và kế toán viên phải được nâng cấp đồng loạt.

Một số điểm nổi bật:

• TK 215 - Tài sản sinh học: Lần đầu tiên xuất hiện, gồm 2151 (súc vật nuôi định kỳ), 2152 (cây trồng) và các tiểu khoản chi tiết, mở rộng hạch toán cho nông nghiệp - chăn nuôi - trồng trọt.
• TK 821 - Thuế tối thiểu toàn cầu: Bổ sung 82112 - Chi phí thuế TNDN bổ sung (GloBE 15%), tách biệt với thuế hiện hành và thuế hoãn lại, giúp doanh nghiệp MNE theo dõi nghĩa vụ thuế bổ sung rõ ràng.
• TK 419 - Cổ phiếu mua lại của chính doanh nghiệp: thay cho thuật ngữ “Cổ phiếu quỹ” theo TT200, phản ánh đúng bản chất công cụ vốn và tiệm cận ngôn ngữ IFRS.

6. Báo cáo tài chính mở rộng sang “phân tích và kể chuyện số liệu”

Thông tư 99 vẫn duy trì bốn báo cáo tài chính cơ bản:

• Bảng cân đối kế toán
• Báo cáo kết quả kinh doanh
• Báo cáo lưu chuyển tiền tệ
• Thuyết minh báo cáo tài chính

Tuy nhiên, nội dung thuyết minh được mở rộng đáng kể, yêu cầu trình bày thêm:

• Căn cứ lựa chọn đơn vị tiền tệ
• Ảnh hưởng của biến động tỷ giá
• Giao dịch nội bộ và yếu tố hợp nhất
• Rủi ro tài chính như tỷ giá, lãi suất, tín dụng

Báo cáo tài chính không còn là bản tổng hợp số học, mà trở thành công cụ phản ánh bức tranh tài chính và câu chuyện vận hành doanh nghiệp.

7. Tư tưởng chủ đạo: Tự chủ - Minh bạch - Hội nhập

Khác với tinh thần “tuân thủ chuẩn Việt Nam” của Thông tư 200, Thông tư 99 hướng đến chuẩn mực quốc tế, chuyển đổi số và hội nhập IFRS.